До банкротства ОАО «ТНХК» представляло собой комплекс из четырех заводов по производству полиэтилена, полипропилена, карбамидных смол и формалина. В августе 1997 года началась процедура банкротства, в 1998 году ключевые производства были выделены в подконтрольные комбинату ООО «Полимис» и ООО «Метанол». Позже ООО «Метанол» перешел под контроль ОАО «Востокгазпром». Полимерное производство было внесено в уставный капитал ООО «Томскполимерпром», подконтрольного ОАО АК «Сибур». Кроме того, 55,75% акций ОАО «ТНХК», принадлежавшие ФГУП «Сибирский химический комбинат», были внесены в уставный капитал ООО «Аппарат управления», которое впоследствии перешло под полный контроль ОАО «Группа „Альянс“» (оно контролирует 67,94% акций ОАО «ТНХК»).
Прекратив банкротство комбината, ОАО «Группа „Альянс“» намерено оспорить все сделки, в результате которых комбинат потерял свои активы. В 2002 году Счетная палата проверила финансово-хозяйственную деятельность ОАО «ТНХК» и пришла к выводу, что с 1997 года активы комбината были по заниженной стоимости переданы структурам ОАО АК «Сибур» и ОАО «Востокгазпром». Аудиторы оценили экономический ущерб, нанесенный государству, в 50 млн долларов.
