В декабре 2006 года Ростехнадзор предъявил требование об уплате в десятидневный срок более 372,9 млн рублей задолженности за размещение отходов. Основную часть этой суммы в размере около 360 млн рублей составляет плата за захоронение жидких отходов на полигоне промышленной закачки. Надзорный орган подал иск в Арбитражный суд с требованием взыскать деньги с предприятия. «Волжский Оргсинтез» также обратился в суд с исковым заявлением о признании действий Ростехнадзора по начислению платы незаконными.
Суд постановил удовлетворить требования «Волжского Оргсинтеза» в полном объеме и признал действия территориального управления Ростехнадзора по начислению более 372,9 млн рублей незаконными. В свою очередь, Ростехнадзор заявил о намерении обжаловать судебный акт.