29 декабря 2001 года сотрудниками специализированной природоохранной службы был произведен забор проб воды, снега и грунта в непосредственной близости и на некотором отдалении от места хранения селитры. Выявлено превышение предельно допустимого содержания аммиачной селитры в окружающей среде в 3 000 раз. 9 января сотрудниками оперативно-розыскного бюро установлено, что часть селитры была ранее отправлена за рубеж.
В результате совместной операции, проведенной сотрудниками оперативно-розыскного бюро ГУ МВД РФ по СЗФО, Управления ФСБ по Санкт-Петербургу, Главного управления по борьбе с организованной преступностью МВД РФ и военной прокуратуры Кронштадтского гарнизона, представителями специализированной контрольной природоохранной службы Департамента природных ресурсов и Отдела морской инспекционной службы, на 27 и 28 причалах военного порта «Ломоносов» были обнаружены 6,5 тысяч тонн аммиачной селитры, хранившейся на открытой территории.
В отношении ряда руководящих сотрудников ЗАО «Балтийские грузовые линии» Главной военной прокуратурой возбуждено уголовное дело по статье 247 ч.2 УК РФ «Нарушение правил обращения экологически опасных веществ и отходов».