В новой системе учтен ряд недостатков, которые имеются у существующей системы сертификации и контроля качества лекарств. Например, импортные лекарства сейчас ввозятся в Россию на основании одного только сертификата производителя. Таможня лишь сверяет данные в документах с тем, что обозначено на упаковках препаратов. Качество лекарств, их подлинность не проверяют на границе вообще.
Новая система предусматривает сертификацию лекарственных препаратов при пересечении границы. В таможенных терминалах, оборудованных необходимой лабораторной техникой, будет тщательно проверяться соответствие препаратов заявленным документам, их качество.