В I квартале 2003 года компания получила прибыль в размере 407 млн долларов, это ниже показателя аналогичного квартала предыдущего года, составившего 629 млн долларов. В январе Eli Lilly предупредила, что ее квартальная прибыль без учета расходных статей будет примерно на уровне результатов I квартала 2002 года. Доходы компании выросли на 13% и составили 2,89 млрд долларов, тогда как аналитики ожидали, что показатель доходов составит 2,74 млрд долларов.
Компания объявила о том, что она приостановила испытания экспериментального препарата Affinitak, предназначенного для лечения мелкоклеточного рака легких, поэтому представление данных по запросам регулирующих органов будет происходить с задержкой. Lilly оказалась в невыгодном положении после утраты патентной защиты на Prozac в США, поэтому компания надеется поправить свои дела за счет новых лекарств, предназначенных для лечения остеопороза, депрессии, импотенции и синдрома дефицита внимания. Выпуск некоторых из них на рынок был задержан регулирующими органами в связи с производственными проблемами.