Как сообщалось ранее, в 2003 году Генпрокуратура России предъявила бывшим совладельцам ЮКОСа — экс-главе компании Михаилу Ходорковскому и бывшему президенту МФО «Менатеп» Платону Лебедеву — обвинения в мошенническом завладении 20% акций «Апатита» в 1994 году.
Однако в 2005 году уголовное дело по этому факту было прекращено Мещанским судом Москвы за истечением десятилетнего срока давности.
В 2006 году иск о возврате в госсобственность 20% акций «Апатита» по запросу Генпрокуратуры подало Росимущество.
Кроме того, летом Росимущество, воспользовавшись «золотой акцией», дважды заблокировало 18 сделок с заинтересованностью по поставке «Апатитом» сырья другим дочерним предприятиям «Фосагро».
Свою позицию Росиумущество мотивировало тем, что предприятие не представило существенные условия договоров по сделкам, включая цены на поставку сырья компаниям, аффилированным с «Апатитом». «Фосагро», в свою очередь, заявило о том, что никаких дополнительных сведений у холдинга запрошено не было.
При этом, по мнению специалистов, повторный запрет на сделки с заинтересованностью был связан с конфликтом вокруг 20% акций «Апатита».