В программе проверки указывается, что основными целями проведения проверки являются анализ состояния и перспектив развития МНПЗ в рамках реализации федеральной целевой программы «Энергоэффективная экономика» на 2002-2005 годы и на перспективу до 2010 года и анализ итогов производственной и финансово-хозяйственной деятельности за 2006 год и истекший период 2007 года. В частности, в ходе проверки будут исследованы структура акционерного капитала, бухгалтерская отчетность, соблюдение налогового законодательства, производственные, технико-экономические показатели МНПЗ, инвестиционная деятельность и ход выполнения программы реконструкции и модернизации производственных мощностей.
МНПЗ в 2006 году переработал 9,68 млн тонн нефти. Московская нефтегазовая компания (МНГК), подконтрольная правительству Москвы и предпринимателю Шалве Чигиринскому, владеет 50,84% голосующих акций завода (38,13% от уставного капитала), «Газпром нефть» через аффилированные структуры – 36,84% (35,11% от уставного капитала), "Татнефть" – 7,78% голосующих акций (17,97% от уставного капитала). Миноритарии находятся в стойкой оппозиции к основному акционеру и действуют консолидированно.
Как сообщает «Коммерсантъ», проверка носит плановый характер и пройдет согласно заранее установленным срокам.
Представители МНПЗ и МНГК отказались уточнить, опасаются ли они проверки Счетной палаты. В «Газпром нефти», которая неоднократно заявляла, что МНПЗ отказывает акционерам в предоставлении информации о финансово-хозяйственной деятельности и в проведении независимого аудита, инициативу ведомства приветствовали.