Институт создается с целью развития фундаментальных и прикладных исследований в области создания и применения высокоэнергетических веществ, получения новых материалов, развития методов тонкого органического синтеза. Основным направлением научной деятельности вновь созданного ИПХЭТ СО РАН будет являться направленный синтез высокоэнергетических, высокопрочных соединений, лекарственных и защитных субстанций, создание новых материалов на их основе, в том числе композиционных, конструкционных, а также биоактивных препаратов с технологической реализацией их получения и применения.
Научно-методическое руководство институтом будет производиться Отделением общей и технической химии РАН. Директором-организатором ИПХЭТ СО РАН до момента избрания директора института назначен академик Г.В.Сакович. При этом руководство Федерального научно-производственного центра «Алтай» обеспечивает финансирование нового института в размере 6 млн рублей в год из внебюджетных источников.