Предприятие признано банкротом 11 октября 2001 года, и на нем введена процедура конкурсного управления. Управляющим назначен директор территориального органа федеральной службы России по финансовому оздоровлению и банкротству в Тюменской области Петр Дорош.
Активы комбината в результате банкротства отчуждены, и основными производственными мощностями сейчас владеет новое юридическое лицо – «Тобольск-Нефтехим» - дочернее предприятие «СИБУРа». В состав холдинга комбинат вошел в апреле 1999 года.
Конкурсное производство введено над оставшимся имущественным комплексом, где трудились около сорока человек. Юридической фирмой «Лекс» проведено комплексное исследование финансово-хозяйственной деятельности и финансового состояния «Тобольского нефтехимического комбината» за последние четыре года. Для его продажи и погашения долгов 2 июля 2002 года были объявлены торги.
Общий долг комбината на момент объявления его банкротом перед 25 кредиторами составлял более 910 млн рублей.
